Pour la deuxième année consécutive, SkyTeam est élue « meilleure alliance aérienne 2006 » par le Global Traveler Magazine dans son éditiondu 23 janvier.
Le 2 février, SkyTeam signe des accords avec les compagnies Air Europa, Copa Airlines et Kenya Airways, qui sont dès lors en voie d'obtention de leur statut officiel de compagnie associée. Ces accords marquent une étape formelle dans le processus d'adhésion à l'alliance et soulignent l'engagement de ces trois compagnies à répondre aux critères d'obtention du statut officiel d'Associé de l'alliance.
Le 4 juin, Leo van Wijk est élu président du Conseil de gouvernance (Governing Board) de SkyTeam. Cette annonce est faite à l'issue de la réunion du Conseil à Vancouver.
Le 4 septembre, SkyTeam annonce la nomination des trois premiers membres de son Programme de compagnies associées : Air Europa, Copa Airlines et Kenya Airways. Désormais, les passagers de ces trois compagnies bénéficient pleinement des avantages offerts par SkyTeam, parmi lesquels la possibilité d'accumuler et de convertir des miles aériens, ainsi que l'accès aux salons en aéroports.
Le 15 novembre, China Southern Airlines devient le 11ème membre à part entière de SkyTeam, faisant ainsi de l'alliance la première à accueillir une compagnie de Chine continentale. Avec l'arrivée de China Southern Airlines, SkyTeam achemine près de 428 millions de passagers par an, grâce à un réseau mondial comprenant 16 400 vols quotidiens, couvrant 841 destinations dans 162 pays.