Per il secondo anno consecutivo, il 23 gennaio SkyTeam è stata nominata la migliore alleanza di compagnie aeree del 2006 da Global Traveler Magazine.
Il 2 febbraio SkyTeam ha siglato degli accordi con Air Europa, Copa Airlines e Kenya Airways, a dimostrazione che questi vettori stanno compiendo dei passi per ottenere lo status ufficiale di compagnia aerea associata. Questi accordi sono una fase formale del processo di entrata nell'alleanza e delineano la volontà dei vettori di soddisfare gli standard richiesti per essere riconosciuti ufficialmente come compagnie aeree associate.
Il 4 giugno SkyTeam ha nominato Leo van Wijk primo presidente dell'alleanza. L'annuncio è stato fatto durante la riunione del consiglio di amministrazione di SkyTeam a Vancouver.
Il 4 settembre SkyTeam ha annunciato i primi tre membri del suo Programma Associate: Air Europa, Copa Airlines e Kenya Airways. I passeggeri che viaggiano con questi tre vettori beneficiano ora di tutti i vantaggi SkyTeam, tra cui la possibilità di accumulare e spendere miglia sui voli e l'accesso alle lounge negli aeroporti.
Il 15 novembre China Southern Airlines è diventata l'11° membro a tutti gli effetti di SkyTeam, rendendo l'alleanza la prima ad aver accolto un vettore della Cina continentale. Con l'aggiunta di China Southern Airlines, ora SkyTeam serve circa 428 milioni di passeggeri all'anno attraverso un sistema internazionale di 16.400 voli giornalieri che coprono 841 destinazioni in 162 paesi.