1月23日、『グローバル・トラベラー・マガジン』誌の「2006 ベスト・エアライン・アライアンス」にスカイチームが選ばれ、2 年連続受賞を達成。
2月2日、 エア・ヨーロッパ、コパ航空、ケニア航空との合意書にスカイチームが署名し、これらの航空会社が公式のアソシエートメンバーとなることを表明。 この合意書は、当アライアンスへの加入プロセスにおける正式な手続きに含まれるもので、各航空会社がアソシエートメンバーとして公認されるための水準を満 たすよう努める意思について概説されています。
6月4日、スカイチームがレオ・ファン・ヴァイク氏を当アライアンスの初代会長に任命。 バンクーバーで開かれたスカイチーム運営委員会会議の席上で任命が発表されました。
9月4日、 エア・ヨーロッパ、コパ航空、ケニア航空の 3 社がアソシエート・プログラムの初代メンバー航空会社となることについて、スカイチームが発表。 この 3 社のフライトをご利用の際にも、マイルの獲得および特典交換、空港ラウンジのご利用など、スカイチームのすべてのメリットを受けられるようになりました。
11月15日、 スカイチームの 11 番目の公式メンバーとして中国南方航空を迎え、中国本土から初の加盟航空会社を獲得。中国南方航空の参入によりスカイチームは、就航国 162 か国、就航都市 841 都市、1 日の運航数 16,400 便、年間搭乗者数約 428,000,000 人の航空アライアンスとなりました。