Voor het tweede jaar op rij werd SkyTeam op 23 januari door Global Traveler Magazine uitgeroepen tot Beste alliantie van luchtvaartmaatschappijen 2006.
Op 2 februari tekende SkyTeam een overeenkomst met Air Europa, Copa Airlines en Kenya Airways, waardoor deze luchtvaartmaatschappijen goed op weg zijn om de officiële status van gelieerde luchtvaartmaatschappij te krijgen. De overeenkomsten zijn een formele stap in het proces om een gelieerde luchtvaartmaatschappij te worden en tonen aan dat deze maatschappijen vastbesloten zijn om aan de normen te voldoen om deze officiële status te verkrijgen.
Op 4 juni benoemde SkyTeam Leo van Wijk tot voorzitter van de alliantie. Dit werd aangekondigd tijdens de bestuursbijeenkomst van SkyTeam in Vancouver.
Op 4 september kondigde SkyTeam de eerste drie gelieerde luchtvaartmaatschappijen aan: Air Europa, Copa Airlines en Kenya Airways. Passagiers die met deze drie luchtvaartmaatschappijen reizen, krijgen nu alle voordelen van SkyTeam. Zo kunnen ze Miles sparen en inwisselen en krijgen ze toegang tot de lounge op de luchthaven.
Op 15 november werd China Southern Airlines het 11e volwaardige lid van SkyTeam. Hiermee is SkyTeam de eerste alliantie die een Chinese luchtvaartmaatschappij verwelkomt. Met de toevoeging van China Southern Airlines dient SkyTeam nu jaarlijks ongeveer 428 miljoen passagiers via een wereldwijd systeem van 16.400 dagelijkse vluchten naar 841 bestemmingen in 162 landen.